在 R 中安装"RcppArmadillo"包时出错

Error while installing "RcppArmadillo" package in R

本文关键字：RcppArmadillo 出错 包时 安装      更新时间：2023-10-16

我使用的是macOS High Sierra版本10.13.4。在安装"Rcpp犰狳"软件包时，我收到以下两条警告消息：

checking whether /usr/local/clang6/bin/clang++ -Wall accepts -g... (cached) yes
checking whether g++ version is sufficient... almost
configure: WARNING: Compiler self-identifies as being compliant with GNUC extensions but is not g++.
checking for macOS... found
checking for macOS Apple compiler... not found
checking for clang compiler... found
checking for OpenMP compatible version of clang... found and suitable
checking LAPACK_LIBS... R-supplied partial LAPACK found
configure: WARNING: Some complex-valued LAPACK functions may not be available

当我在终端上输入"gcc --version"时，我得到

Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 9.1.0 (clang-902.0.39.2)
Target: x86_64-apple-darwin17.5.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin

我在 R 中的 Makevars 文件看起来像：

FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin16/6.3.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
F77 = /usr/local/bin/gfortran
FC = $F77
CXX =  /usr/local/clang6/bin/clang++  -Wall
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
CC=  /usr/local/clang6/bin/clang
SHLIB_CXXLD=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11 =  /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98 =  /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14 =  /usr/local/clang6/bin/clang++

如何删除这两个警告标志？

简而言之，这些是警告而不是错误。此外，这些警告无关紧要。

让我们谈谈每个警告的含义...

第一个警告

配置：警告：编译器自我标识为符合 GNUC 扩展，但不是 g++。

这说明在Makevars文件的CXX变量中定义的编译器标识为gcc，但不是gcc编译器。实质上，每个编译器都有自己的预定义标头，请参见第 3.7.2 节 C 预处理器的通用预定义宏，此检查的重点是验证是否选择了现代gcc编译器。但是，如果编译器谎报它是谁，则很难检查编译器是否存在。

有关源的详细信息，请参阅问题在 g++版本检查 #183 后在配置中添加检查消息成功以及在 g++ 测试上提交默认消息中的讨论(。

第二个警告

配置： 警告：某些复值 LAPACK 函数可能不可用

在此警告中，有人抱怨底层线性代数 PACKage 与R附带的相同。不幸的是，与R一起提供的LAPACK受到严重限制并且有点过时。因此，这里的检查希望通过OpenBLAS，Intel MKL或ATLAS存在外部LAPACK。由于此检查的结构方式，除非您从源代码编译R(即您选择不使用 CRAN 提供的二进制文件(，否则无法避免打嗝。

简单地说，CRAN 二进制文件在特定位置查找 LAPACK。切换到另一个 LAPACK 需要建立到现有 lRlapack 位置的符号链接，这是检查搜索的内容。但是，不建议进行这样的符号链接。(对不起，vecLib爱好者！

如果有兴趣从源代码进行编译，请考虑查看 R 安装和管理的 A.3 线性代数部分，其中介绍了使用外部 LAPACK 的过程。

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