R dyn.load "Symbol not found"错误,即使C++代码构建良好
R dyn.load "Symbol not found" error, even though C++ code builds fine
我有一个简单的C++程序,我可以在Mac(Mavericks)上使用clang++
成功构建它,但当使用R CMD SHLIB
构建并在R.中加载dyn.load
时,它会失败
这是C++代码(存储在simple.cpp
中),它使用Gurobi优化器:
#include "gurobi_c++.h"
#include <iostream>
void fxn() {
GRBEnv env = GRBEnv(); // Create a Gurobi environment
GRBModel colgen = GRBModel(env); // Create empty model object
colgen.addVar(0, 1, 0.0, GRB_BINARY); // Add binary variable to model
std::cout << "Hello world" << std::endl;
}
int main(int argc, char **argv) {
fxn();
return 0;
}
我可以使用clang++
成功编译并运行此代码,链接到Gurobi库:
$ clang++ simple.cpp -I/Library/gurobi562/mac64/include
-L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 -stdlib=libstdc++
-lpthread -lm
$ ./a.out
Hello world
我能够用R CMD SHLIB
:成功编译
$ MAKEFLAGS="PKG_CXXFLAGS=-I/Library/gurobi562/mac64/include" R CMD SHLIB
simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56
-stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG
-I/usr/local/include -I/Library/gurobi562/mac64/include -fPIC -mtune=core2
-g -O2 -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup
-single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib
-o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56
-stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/..
-framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
然而,dyn.load("simple.so")
在R:中失败
Error in dyn.load("simple.so") :
unable to load shared object '[path]/simple.so':
dlopen([path]/simple.so, 6): Symbol not found: __ZN8GRBModel6addVarEdddcNSt3__112basic_stringIcNS0_11char_traitsIcEENS0_9allocatorIcEEEE
Referenced from: [path]/simple.so
Expected in: flat namespace
in [path]/simple.so
从c++filt
中,我可以看到缺少的符号是GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)
,它应该由我正在链接的Gurobi库之一提供。
从以前的文章中,我了解到这些"Symbol not found"错误通常是由于没有链接正确的库而发生的,但我已经能够成功编译和运行simple.cpp
,并且我正在向R CMD SHLIB
传递相同的链接选项。
以下是我的~/.R/Makevars
文件的内容:
CC=clang
CXX=clang++
编辑我认为问题可能与编译代码时使用的选项-stdlib=libstdc++
有关。当我从第一个构建(clang++
的工作调用)中删除此选项时,我得到的第一个链接器错误是:
Undefined symbols for architecture x86_64:
"GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)", referenced from:
_fxn in simple-pRHAEs.o
这就是导致dyn.load
失败的未定义符号。
我解决了这个问题,它与我如何向R CMD SHLIB
提供参数-stdlib=libstdc++
有关。R CMD SHLIB
调用clang++
两次,第一次是在编译阶段构建一个对象文件(在我的案例中是simple.o
),然后将该文件链接到一个共享对象(在我案例中是simple.so
)。R CMD SHLIB
只是将-stdlib=libstdc++
参数传递给第二次调用,但我们还需要它为clang++
的第一次调用提供参数。我们可以通过将-stdlib=libstdc++
添加到PKG_CXXFLAGS
:来实现这一点
$ PKG_CXXFLAGS="-I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++" R CMD SHLIB
simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56
-stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG
-I/usr/local/include -I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++
-fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup
-single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib
-o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56
-stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/..
-framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
现在,dyn.load("simple.so")
可以从R中正常工作(尽管正如@MartinMorgan和@JanvanderLaan所提到的,我需要使用extern "C"
或其他方法来公开我的函数,才能真正从R中调用它们)。
R期望C链接,但您提供了C++链接。一种解决方案是
#include <iostream>
extern "C" void fxn() {
std::cout << "Hello world" << std::endl;
}
带有
$ R --vanilla CMD SHLIB tmp.cpp && R --vanilla -e "dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')"
clang++ -I/home/mtmorgan/bin/R-devel/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -ggdb -O0 -c tmp.cpp -o tmp.o
clang++ -shared -L/usr/local/lib -o tmp.so tmp.o -L/home/mtmorgan/bin/R-devel/lib -lR
> dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')
Hello world
list()
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