R内部分段故障和链接问题

RInside segmentation fault and linking issue

本文关键字：链接 问题 故障 内部 分段      更新时间：2023-10-16

我正试图通过RInside从linux上的c++调用R，我用gcc 4.5.3版本(Debian 4.5.3-1)从源代码编译了R-2.15.1，我没有使用apt-get-install的sudo权限。我正在使用OpenBlas和系统优化的lapack。blas和lapack库适用于许多scalapack应用程序

我安装了带有的R

./configure --with-blas="-I/lib/OpenBLAS-v0.2.3-0/xianyi-OpenBLAS-48f075c/install/include -L/lib/OpenBLAS-v0.2.3-0/xianyi-OpenBLAS-48f075c/install/lib -lopenblas -lgfortran" --with-lapack="/usr/lib/liblapack.so -lgfortran" --enable-BLAS-shlib=yes --enable-R-shlib --enable-R-static-lib --prefix= .

安装并运行良好，我运行了make check，没有任何错误，所有软件包(Rcpp和RInside)也安装良好。。

然而，当我使用给定的RInsidemakefile时，/standard/rinside_sample0.cpp中的基本hello-world示例会编译！但它没有运行，我得到以下错误

./rinside_sample0: error while loading shared libraries: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory

文件libRblas.so存在并且在R/lib文件夹中，

当我试图用g++命令手动链接它时，make文件创建或链接如下，我得到了一个分段错误

/R/lib/libRblas.so ./hello_world
Segmentation fault

编辑：以下是示例make文件如何尝试编译示例(编译良好)，但不会在上面缺少libRblas.so错误的情况下运行

g++ -I/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/include -I/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/Rcpp/include -I/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/RInside/include -g -O2 -Wall -I/usr/local/include   hello_world.cpp  -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lR  -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lRblas -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lRlapack -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lRblas -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/Rcpp/lib -lRcpp -Wl,-rpath,/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/Rcpp/lib -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/RInside/lib -lRInside -Wl,-rpath,/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/RInside/lib -o hello_world

两件事：

  1. 可复制的示例，请

  2. 您有一个非标准设置

  3. 使用1)中的脚本，在标准设置上尝试它，因为Rcpp/RInside就是这样开发和测试的(在Ubuntu/Debian上)

  4. Rcpp测试套件现在包含大约350个单元测试函数中的近800个单元测试。这些没有故障，所以问题就在你这边。类似地，RInside在四个子目录examples/中有几十个例子。这也是有效的。

这可能和调整Makefile/Makevars文件一样容易，以确保在任何情况下都能获得库。但我们无法判断，因为这里没有可复制的东西。

编辑如果你想链接到libRblas.so，那么你有一个完全非标准的设置，作为Debian/Ubuuntu的R包，使用外部BLAS。再说一遍，这不是RInside的问题。

我通过在LD_LIBRARY_PATH的开头添加R安装路径库../R/lib:解决了这个问题，之后所有的示例都编译并运行了精细的

相关文章：