从source:链接到共享库失败

build R from source: links to shared libraries failed

本文关键字：共享失败链接 source 更新时间：2023-10-16

一个多星期来，我一直摸不着头脑，我的问题没有答案。我想用Intel MKL1作为共享库从cran源代码构建R。下面是我用来测试配置的小脚本:

#! /bin/sh
export MKL=/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.109/linux/mkl
MKL=" -L${_mkllibpath} 
-Wl,--start-group 
    -lmkl_gf_lp64 
    -lmkl_gnu_thread 
    -lmkl_core 
-Wl,--end-group 
-lgomp -lpthread"
./configure --prefix=/usr 
--libdir=/usr/lib 
--datarootdir=/usr/share 
rsharedir=/usr/share/R/ 
rincludedir=/usr/include/R/ 
rdocdir=/usr/share/doc/R/ 
--with-blas="${MKL}" 
--with-lapack 
--enable-R-shlib 
make -j4

这个小脚本做了如下的事情:

在x86_64上使用gcc和gfortran构建R
使用gnu线程构建R
导出路径到Intel MKL库
动态链接BLAS到intel MKL

现在我开始生气了。在一个系统上，Archlinux，构建将允许我在构建目录

中运行ldd的以下输出

$ ldd bin/exec/R
.....
libmkl_gf_lp64.so => /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_gf_lp64.so    (0x00007f7707797000)
libmkl_core.so => /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so (0x00007f7705c2a000)
libmkl_gnu_thread.so => /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_gnu_thread.so (0x00007f7704ed3000)
libimf.so => /opt/intel/lib/libimf.so (0x00007f7704814000)
libintlc.so.5 => /opt/intel/lib/libintlc.so.5 (0x00007f770284b000)
.......

这正是我要找的。现在，相同的脚本与Intel MKL安装在相同的路径，运行在Fedora22。

$ ldd bin/exec/R
linux-vdso.so.1 (0x00007ffe9a9c5000)
libR.so => /usr/lib64/R/lib/libR.so (0x00007f45d9b69000)
libgomp.so.1 => /lib64/libgomp.so.1 (0x00007f45d9947000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f45d972a000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f45d936a000)
libblas.so.3 => /lib64/libblas.so.3 (0x00007f45d9111000)
libgfortran.so.3 => /lib64/libgfortran.so.3 (0x00007f45d8de5000)
......

如所见，没有链接到英特尔MKL。

我玩过各种make选项，ld_path，链接器选项等;我检查了环境变量;我已经检查了ldconfig缓存;等。仍然无法获得Fedora的正确链接。

我将感谢任何提示，在哪里寻找我的问题的根源。

经过多次尝试，下面是使用Intel MKL和ICC构建R-cran的正确脚本:

#! /bin/sh
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.109/linux/bin/mklvars intel64 
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 
_icclibpath=/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.109/linux/compiler/intel64/                    
_mkllibpath=${MKLROOT}/lib/intel64/
MKL=" -L${_mkllibpath} -lmkl_rt -lpthread"
export CC="icc"
export CXX="icpc"
export AR="xiar"
export LD="xild"
export F77="ifort"
export CFLAGS="-g -O3 -xHost -I${MKLROOT}/include"
export CXXFLAGS="-g -O3 -xHost -I${MKLROOT}/include"
export FFLAGS="-I${MKLROOT}/include"
export FCFLAGS="-I${MKLROOT}/include"
# shared libs
./configure --with-blas="${MKL}" --enable-R-shlib --enable-BLAS-shlib
# static libs
#./configure --with-blas="${MKL}" --with-lapack
make -j4

注意:

脚本是为Parallel studio 2016编写的。改变路径
libRlib和libRblas可以构建为共享库或静态库。
可以添加更多的选项来配置