在Rcpp中使用多项式
Using rmultinom with Rcpp
我想在c++代码中使用R函数rmultinom与Rcpp一起使用。我得到了一个关于没有足够参数的错误-我不熟悉这些参数应该是什么，因为它们不对应于R中函数使用的参数。我也没有任何运气使用"::Rf_foo"语法从Rcpp代码访问R函数。
下面是我的代码的简化版本(是的，我正在编写吉布斯采样器)。
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// C++ implementation of the R which() function.
int whichC(NumericVector x, double val) {
int ind = -1;
int n = x.size();
for (int i = 0; i < n; ++i) {
if (x[i] == val) {
if (ind == -1) {
ind = i;
} else {
throw std::invalid_argument( "value appears multiple times." );
}
} // end if
} // end for
if (ind != -1) {
return ind;
} else {
throw std::invalid_argument( "value doesn't appear here!" );
return -1;
}
}
// [[Rcpp::export]]
int multSample(double p1, double p2, double p3) {
NumericVector params(3);
params(0) = p1;
params(1) = p2;
params(2) = p3;
// HERE'S THE PROBLEM.
RObject sampled = rmultinom(1, 1, params);
int out = whichC(as<NumericVector>(sampled), 1);
return out;
}
我是c++的新手，所以我意识到很多代码可能是笨拙和低效的。我愿意听取关于如何改进我的c++代码的建议，但我的首要任务是听取有关多项业务的建议。谢谢!
顺便说一句，我很抱歉与这篇文章相似，但是
- 答案不适合我的目的
- 差异可能足以保证一个不同的问题(你这样认为吗?) 这个问题是一年前发布并回答的。
下面是user95215修改的答案，以便它可以编译，并且是Rcpp风格的另一个版本:
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
IntegerVector oneMultinomC(NumericVector probs) {
int k = probs.size();
SEXP ans;
PROTECT(ans = Rf_allocVector(INTSXP, k));
probs = Rf_coerceVector(probs, REALSXP);
rmultinom(1, REAL(probs), k, &INTEGER(ans)[0]);
UNPROTECT(1);
return(ans);
}
// [[Rcpp::export]]
IntegerVector oneMultinomCalt(NumericVector probs) {
int k = probs.size();
IntegerVector ans(k);
rmultinom(1, probs.begin(), k, ans.begin());
return(ans);
}
如果我尝试编译您的代码，我得到编译器错误:
> Rcpp::sourceCpp('~/scratch/multSample.cpp')
multSample.cpp:33:21: error: no matching function for call to 'rmultinom'
RObject sampled = rmultinom(1, 1, params);
^~~~~~~~~
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/Rmath.h:449:6: note: candidate function not viable: requires 4 arguments, but 3 were provided
void rmultinom(int, double*, int, int*);
^
1 error generated.
正如它所暗示的那样，您没有正确指定参数。请注意，与其他函数相比，rmultinom接口有点尴尬:它填充*rn所指向的内存，而不是返回一个新对象(带有自己新分配的内存)。
如果你看一下R源码，你会看到接口，你可以看到它在这里被使用的一个例子(事实上，stats做了一个包装函数，做了一些更多的参数检查和什么的)。注意这里的用法:
rmultinom(size, REAL(prob), k, &INTEGER(ans)[ik]);
换句话说，它通过将该内存的地址传递给rmultinom函数来填充名为ans的INTSXP。
因此，如果您想使用Rcpp中的这个函数，您将不得不做类似的事情——但也许这需要类似的糖矢量化处理，以避免该接口的丑陋。
你可以试着这样做:
IntegerMatrix sampled(nrow, ncol);
rmultinom(1, 1, params, sampled.begin());
Kevin提供的示例和链接使我找到了一个有效的答案。有一些类型的争论。我写了一个函数，它允许你从一个多项分布中抽样一个向量。代码如下。
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericVector oneMultinomC(NumericVector probs) {
int k = probs.size();
SEXP ans;
PROTECT(ans = RF_allocVector(INTSXP, k));
probs = RF_coerceVector(probs, REALSXP);
rmultinom(1, REAL(probs), k, &INTEGER(ans)[0]);
UNPROTECT(1);
return ans;
}
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