非法指令调试

Illegal instruction debug

本文关键字：调试 指令 非法      更新时间：2023-10-16

我已经编译了一套完整的生物信息学分析。(https://github.com/iontorrent/TS)它有很多依赖(armadillo, blas, lapack, atlas等)。

在编译时，我没有错误。问题是，一些可执行文件创建不工作，并抛出一个非法指令没有任何其他信息。我在CentOS 5.6上使用GCC 4.8.2。

我想知道如何调试这些可执行文件，这样我就可以检查我的系统中哪个库或代码是错误的。

./tvc
tvc 4.0-7 () - Torrent Variant Caller
Illegal instruction

我认为问题出在LAPACK/BLAS/CBLAS上。我对如何从源代码构建LAPACK/BLAS和CBLAS感到非常困惑。(rpm版本的LAPACK/BLAS在Centos 5中已经过时，该软件套件需要LAPACK 3.2.1)。我知道如何编译LAPACK和BLAS，我不知道如何安装CBLAS。

谢谢。

编辑:

提供这个分析套件的人他们还提供了一个预装了Ubuntu和所有软件的VM。

我看了一下他们的gcc版本和配置:

gcc -v Using built-in specs. Target: x86_64-linux-gnu Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu 4.4.3-4ubuntu5.1'
--with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.4/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --enable-shared --enable-multiarch --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib --without-included-gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.4 --program-suffix=-4.4 --enable-nls --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-plugin --enable-objc-gc --disable-werror --with-arch-32=i486 --with-tune=generic --enable-checking=release --build=x86_64-linux-gnu --host=x86_64-linux-gnu --target=x86_64-linux-gnu Thread model: posix gcc version 4.4.3 (Ubuntu 4.4.3-4ubuntu5.1)

我的GCC配置:

Configured with: ../configure --prefix=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-mpfr=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-gmp=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-as=/share/apps/local/binutils/2.24/bin/as --enable-languages=c,c++,fortran
Thread model: posix
gcc version 4.8.2 (GCC)

有几种可能性;但是要解决这个问题，请按照

所述在调试器中运行该程序。
$ gdb ./tvc

从调试器运行程序。注:(gdb)是提示符

(gdb) run

这应该抛出非法指令;从这里输入

(gdb) bt full

这将告诉您非法指令发生在哪里。

可能是您使用与CPU不兼容的代码生成编译器设置编译它。或者链接到针对其他cpu进行了优化的库。特别是数字库通常有特殊的构建来使用CPU的所有功能。例如，如果你使用的库是为使用SSE4指令而构建的，但你的CPU有点老，它可能会抛出这个错误。

因此，请仔细阅读您可以为CPU使用的软件包或blas库。

"我想知道如何调试这些可执行文件，"

首先在调试器中运行它。(这就是为什么它被称为调试器;它可以帮助你调试可执行文件)。

当程序在"Illegal Instruction"中失败时，调试器将能够显示它在哪里失败，并提供有关原因的更多信息。

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