合并两个exe文件

我的问题的一些背景:

我有一个项目在Visual c++ 2006和一个项目在Visual c++ 2010 Express。两者分别编译形成一个exe文件。我不能转换我的2006年项目到2010年，因为我得到了很多"无法加载项目"的错误。我也无法将2010年的项目代码移植到2006年(无论我尝试什么，我总是得到错误，与库有关)。

我的最终解决方案要求我只有一个可执行文件。我能做些什么来实现这个目标吗?我在谷歌上做了一些快速搜索，发现有exe joiners，但我也听说这些东西经常被用来制作恶意软件。

作为参考，我正在使用"虚拟"客户端，因此希望尽可能地简化他们端的事情。因此，让他们执行一个exe比让他们执行两个要好。另外，我不希望他们的防病毒软件因为我使用了一些程序将两个exe连接在一起而变得混乱。做什么?

这两个项目文件做不同的事情。例如，VS2006中的项目设置了一个服务器，VS2010中的项目获取用户操作系统的信息。"服务器"的代码，我认为，有很多依赖关系，由于某种原因不能转换为Visual c++ 2010。"抓取"的代码需要一些较新的库和编译选项，如果移植到2006，将无法工作。

我也相信我提到的exe合并只是作为一个"容器"，其中它运行两个exe文件一个接一个。