有效地将DNA碱基对数据存储在RAM中

Efficiently storing DNA base-pair data in RAM?

本文关键字：存储 RAM 数据 DNA 有效地更新时间：2023-10-16

与这个问题非常相关：存储大DNA序列的最有效方法？而这个：宣布DNA 的新数据类型

我想找到一种方法来有效地存储长字符集ACTG，而不会为每个值浪费整个字节，因为它只需要2个比特。然而，我在回复中没有看到任何关于如何用C++、Java或任何语言存储2位数据的描述，尽管我认为C++应该是理想的语言

所以我的问题是，正确创建一个方便使用的2位数据类型的语法是什么？我认为需要制作某种结构来填充字节大小（lol）的数据块，但我真的不确定。

我很想知道这样的事情在其他语言中是否也可行，比如Javascript或Perl，但主要是如何在C++中实现。

示例代码将不胜感激，谢谢。

我建议您将数据编码在std::bitset中，并将位集存储在std::vector中。你可以只在比特集中编码一对DNA，并在载体中的每个元素浪费四个比特，或者你可以在每个比特集中编码两对DNA，然后你就有了完美的存储。