Rcpp 包创建符号未找到错误

Rcpp package creation Symbol not found error

本文关键字:错误 符号 包创建 创建 Rcpp      更新时间:2023-10-16

我正在尝试使用 Rcpp 创建一个 R 包。

我想导出的主要代码是C++的,但它依赖于其他C++和C脚本。

我的项目看起来像这样:

├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
├── R
│   └── RcppExports.R
├── README.md
├── Read-and-delete-me
├── inst
│   ├── include
│   │   ├── Generate_RQMC.hpp
│   │   ├── Get_seed.hpp
│   │   ├── HilbertCode.hpp
│   │   └── SamplePack
│   │       ├── DB_NX.h
│   │       ├── DB_ShiftNets.h
│   │       ├── DigitalNetsBase2.h
│   │       ├── Measurements.h
│   │       └── RadicalInversesBase2.h
│   └── libsqmc_main.a
├── man
│   └── RSQMC-package.Rd
└── src
├── Makevars
├── RSQMC.so
├── RcppExports.cpp
├── RcppExports.o
├── SQMC.cpp
├── SQMC.o
└── libqmc
├── Generate_RQMC.cpp
├── Generate_RQMC.o
├── Get_seed.cpp
├── Get_seed.o
├── HilbertCode.cpp
├── HilbertCode.o
└── SamplePack
├── DigitalNetsBase2.C
├── Measurements.C
├── dn2dpro.C
├── dnmeasure.C
├── ricapdisc.C
├── rimeasure.C
├── rivis.C
└── tparam.C

其中libsqmc.so是共享库,将文件夹R_Functions中的所有脚本分组。

在主.cpp文件中,我想从 Generate_RQMC.hpp 调用一个函数,所以我在脚本的开头添加了以下行:

#include "SQMC_scripts/R_Functions/include/Generate_RQMC.hpp" 

当我跑步时

R CMD build RSQMC

我收到以下错误:

dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...( 中的错误: 无法加载共享对象 '/private/var/folder/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so': dlopen(/private/var/folder/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so, 6(: 找不到符号: __Z16MyFunctioniii 引用自:/private/var/folder/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so 预期:平面命名空间 in/private/var/folder/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so 错误:加载失败 执行已停止 错误:加载失败 * 删除 '/private/var/folder/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC'

MyFunction是我尝试从Generate_RQMC.hpp在主文件中调用的函数。

我修改了 Makevars 添加 -I".../src/SQMC_scripts/include" 到 PKG_LIBS 但它没有改变任何东西。

我使用的是macOS Sierra 10.12.5,R 3.3.2和Rcpp 0.12.11。

更新

我修改了我的Makevars,现在看起来像这样:

CXX_STD = CXX11
SOURCES=$(wildcard SQMC_scripts/*.cpp SQMC_scripts/*/*.C)
OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)
PKG_CXXFLAGS = -I".../RSQMC/src/" 
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
all: $(SHLIB)
$(OBJECTS): clean
clean:  @rm -f $(OBJECTS)

但是我仍然有相同类型的错误(对于SQMC_scripts文件夹中定义的不同类和函数(,例如:

未找到符号:__ZN19DigitalNetGeneratorC1E4_dgtj

DigitalNetGenerator是在C文件DigitalNetsBase2中定义的一个类。

更新 2

由于无外套的答案和这个存储库,我终于设法让它工作。

这是我的 Makevars 文件,如果它可以对其他人有任何帮助:

$(info The compilation root directory is: $(ROOT_DIR))                          
$(info The name of the shared library to be created is: $(SHLIB))               
CXX_STD = CXX11
PKG_CPPFLAGS= -Dlibqmc_core_shared_EXPORTS -I../inst -I../inst/include
PKG_LIBS= -L../inst -lsqmc_main -lgsl -lCGAL -lgslcblas
LIBS= -L./ -L../inst
SOURCES_C = ./libqmc/SamplePack/DigitalNetsBase2.C ./libqmc/SamplePack/dn2dpro.C ./libqmc/SamplePack/dnmeasure.C ./libqmc/SamplePack/Measurements.C ./libqmc/SamplePack/ricapdisc.C ./libqmc/SamplePack/rimeasure.C ./libqmc/SamplePack/rivis.C  ./libqmc/SamplePack/tparam.C
SOURCES_CPP= ./libqmc/Generate_RQMC.cpp ./libqmc/Get_seed.cpp ./libqmc/HilbertCode.cpp
OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES_CPP:.cpp=.o) $(SOURCES_C:.c=.o)
#all: $(SHLIB)
all: $(SHLIB) ../inst/libsqmc_main.a
$(SHLIB): $(OBJECTS) ../inst/libsqmc_main.a 
../inst/libsqmc_main.a: $(OBJECTS)
ar -rvs ../inst/libsqmc_main.a $(OBJECTS)

包子目录是第 1.1.5 节:编写 R 扩展中的包子目录中介绍的一个有趣的主题。不幸的是,它遗漏了一点。所以,这个问题出现了一点...事实上,我有一个类似的变体,因为它与子文件夹中的 Rcpp 属性使用有关。(剧透:不能在src/子文件夹中使用属性...

遗憾的是,对src目录中的文件夹执行此操作的唯一方法是修改Makevars文件,如第 1.2.1 节:在编写 R 扩展时使用 Makevars 的后半部分所示。

因此,大致如下:

SOURCES=$(wildcard subfolder/*.cpp subfolder2/*.cpp)
OBJECTS = toplevelsrcfile.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)
PKG_CPPFLAGS=-I.
all: $(SHLIB)
clean:
@rm -f $(OBJECTS)

应该工作...

请注意,在您的情况下,toplevelsrcfile.o应该是SQMC.o.

不知道为什么symbols.rdssrc/...

您需要首先放入src/的子目录并编译包含的代码,可能到静态库(或只是一堆.o文件(中,然后您可以从src/Makevars引用。

有一些软件包可以做到这一点,但我想不出一个伟大的或规范的参考。我倾向于更喜欢外部库。

作为替代方案,您可以将所有C++文件放入src/,R 将采用构建。 您可能需要调整文件中#include路径。