将数据集从 R 传递到C++(使用 .呼叫）

Passing dataset from R to C++ (using .Call)

本文关键字：C++ 使用 呼叫 数据集      更新时间：2023-10-16

我需要加快 R 到 C++ 中的数据处理速度。我已经有了我的C++代码，它基本上从 txt 文件中读取 R 应该传递的内容。由于我需要 R 进行分析，因此我想将我的C++代码集成到 R 中。

C++代码需要的是一个(大(数据帧(我使用 std：：vector<std：：vector>>(和一组参数，所以我正在考虑通过 .调用接口，然后按以下方式处理数据：

  • R：使用给定编码将数据写入 txt 文件

  • C++：从 txt 读取，做我需要做的事情并将结果写入 txt(它仍然是一个数据集 -> std：：vector(

  • R：从 txt 读取结果

这将避免我重写部分代码。可能的问题/瓶颈在于阅读/写作，您认为这是一个真正的问题吗？

否则，作为替代方案，通过 C++结构复制我的所有数据是否合理。呼叫接口？

谢谢。

您可以从 RcppExample 包中非常简单的数据帧示例开始：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
List DataFrameExample(const DataFrame & DF) {
// access each column by name
IntegerVector a = DF["a"];
CharacterVector b = DF["b"];
DateVector c = DF["c"];
// do something
a[2] = 42;
b[1] = "foo";
c[0] = c[0] + 7; // move up a week
// create a new data frame
DataFrame NDF = DataFrame::create(Named("a")=a,
Named("b")=b,
Named("c")=c);
// and return old and new in list
return List::create(Named("origDataFrame") = DF,
Named("newDataFrame") = NDF);
}

您可以分配向量(来自 Rcpp 或 STL(和矩阵(同样，来自 Rcpp，或者如果您更喜欢嵌套的 STL 向量(。 然后你还有通过RcppEigen和RcppArmadillo的特征和犰狳。 等等 - CRAN上有超过1350个软件包，你可以学习。 Rcpp 画廊中提供了大量现成的示例。

来回读取和写入大型数据集不是在 R 和C++代码之间传递数据的最佳解决方案。根据C++代码执行的时间长短，这可能是也可能不是代码中最严重的瓶颈，但应避免使用此方法。

您可以查看以下解决方案来传递 data.frame(或 data.table(对象： 使用"Rcpp"和/或"RcppArmadillo"将"data.table"传递给c ++函数

至于传递其他参数，解决方案将取决于我们正在谈论的参数类型。如果这些只是数值，则可以将它们直接传递给C++(请参阅Rcpp 的高性能函数：http://adv-r.had.co.nz/Rcpp.html(。

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