用 c++ 读取 ped 文件

Reading ped file in c++.

本文关键字：文件 ped 读取 c++      更新时间：2023-10-16

是否有任何C++库可以读取ped文件(http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/data.shtml#ped(？

从PED到BED文件的转换

To convert myPlinkTextData.ped and myPlinkTextData.map in Plink binary format, use Plink as follows:
plink --file myPlinkTextData --make-bed --out myPlinkBinaryData

来源： http://www.shapeit.fr/pages/m02_formats/pedmap.html

用于读取 BED 文件的库

https://github.com/fadern/libplinkio(来自Vinash85评论(

阅读 PED-文件似乎在路线图 (1.0( 上，但我找不到有关何时或是否达到 1.0 的任何信息。

编写您自己的 PED 文件库

plink命令行工具的源代码可用：

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml

因此，如果您需要一个完成所有操作的单个库，则可以获取其中的一部分和libplinkio的一部分并将它们组合在一起。

可以按 https://github.com/fadern/libplinkio 读取ped文件。但它以二进制格式读取ped文件。当文件转换为转置二进制格式时也是如此。通常，在ped格式中，基因型编码为A，G，C，T或1,2,3,4。这表示原始序列。libplinkio 库对主要/次要/缺失等位基因使用 0/1/NA 编码。这可以通过使用 plink http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml噗嗤噗��

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